Jones dan Waggoner mulai mengajarkan bahwa organisasi gereja dilakukan oleh Roh Allah saja. Tidak diperlukan perantara manusia untuk satu orang mengarahkan orang lain. Prinsip-prinsip mereka didasarkan pada individu sebagai tubuh, yaitu tubuh Kristus.

Gereja di surga dibangun atas hubungan antara Bapa dan Anak. Gereja di bumi sebagai gambaran surga dibangun atas hubungan antara Adam dan Hawa. Hubungan utama itu menjadi pola organisasi gereja.

Pandangan spiritualis Jones dan Waggoner mengenai gereja dan ajaran-ajaran lain membawa keduanya keluar dari platform Adventis dan masuk ke dalam apostasi. Semoga kita dapat memahami pelajaran yang ditinggalkan oleh kedua pria ini dan mengembangkan pemahaman kita tentang organisasi gereja berdasarkan Bapa dan Anak-Nya.